Après de longues quarantaines sur les voiliers qui les convoyaient vers la Nouvelle Calédonie, les animaux qui débarquèrent étaient pratiquement exempts de maladies. L'éloignement géographique et l'isolement insulaire firent le reste pendant longtemps. Une très sévère politique de quarantaine mise en œuvre depuis trois décennies permet de conserver un statut zoo sanitaire exceptionnel. Aujourd'hui l'élevage se pratique toujours dans un milieu particulièrement sain grâce à la vigilance des services vétérinaires officiels et à l'attitude active des éleveurs et des vétérinaires praticiens.

 Les Calédoniens entendent conserver cette situation privilégiée qui leur garantit une alimentation saine et leur permet de satisfaire les exigences sanitaires les plus rigoureuses de leurs clients.

 L'importation d'animaux n'est possible qu'en provenance de certains pays en fonction de leur statut sanitaire et selon les modalités de protocoles sanitaires bilatéraux qui imposent la mise en isolement des animaux destinés à être exportés, et définissent les épreuves de laboratoire et les examens cliniques. A leur arrivée, ces animaux sont mis en quarantaine dans un lazaret d'isolement et soumis à une dernière série d'examens.

 Pour renforcer les schémas d'amélioration génétique et profiter des progrès génétiques réalisés en particulier dans les berceaux de race, les éleveurs de bovins, de chevaux et de porcs ont recours à l'insémination artificielle avec de la semence congelée. Cette pratique annule pratiquement les risques d'introduction d'agents pathogènes. Ces semences sont importées selon des protocoles sanitaires spécifiques et un suivi sanitaire est réalisé dans tous les élevages pratiquant l'insémination artificielle avec celles-ci.